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近10年来，张志东先后执行国家重点研发任务、新疆第三次科考任务等，带领团队先后在盐碱、干旱等环境挖掘各类微生物资源2000余株，发现微生物属种30余个。目前，团队重要突破方向是新疆特殊环境微生物资源的高效挖掘和资源保护，持续攻关“精准”和“无漏”微生物培养组技术，以解决目前特殊环境大量微生物尤其是新的分类单元能检测到却得不到的难题。

张志东介绍，团队也积极加大相关微生物资源的评估和利用，充分利用特殊环境微生物在提高作物抗旱、固氮以及污染治理方面的作用，加大技术研发，加快推进特殊环境微生物资源在新疆耕地生产障碍修复利用，也为新疆绿洲农业中农田缺水、耕地缺肥、长期连作病害多发等提供微生物学方案，以促进区域特色优势产业发展，为乡村振兴提供有力的科技支撑。